最高裁第2小法廷は、検察の特別抗告を退ける決定をして再審を認めました。裁判官3人全員一致の意見でした。

最高裁決定の翌年、大津地裁はやり直しの裁判で無罪を言い渡し、検察が控訴しなかったため無罪判決が確定しました。裁判長は刑事司法の過ちによって西山さんが長期の服役を強いられたことに触れ、「警察、検察、弁護士、裁判官も含めすべての関係者が自分の問題として捉え、司法の改善につなげるべきだ」と述べました。
その後、西山さんは不当な捜査を受けたとして滋賀県などを相手に民事裁判を起こしていますが、この中で滋賀県警が無罪判決を否定する主張の書面を作成していたことが明らかになり、知事や県警本部長が謝罪する事態になっています。