しんべヱの別荘にやってきた乱太郎（らんたろう）たち。その時しんべヱのパパの叫び声が・・・。庭に雪男さんの足跡があったのだ。雪男さんに会いたくて別荘を作ったしんべヱのパパ。パパのお願いで乱太郎たちは、雪男さんを探しに行くことになった。

授業で「すまいるの術（じゅつ）」を習ったユキ、トモミ、シゲのくノ一たち。山本（やまもと）先生から訓練のため、午後の授業まで笑顔を絶やさずにいるように言われた。そんな三人に乱太郎（らんたろう）たちがいたずらを始めて・・・。

裏山に薪（まき）を拾いに出かけた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。ところが、山にあるはずのないゆでダコや新鮮な鯛を見つけた。「相談にのって欲しい。」と第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんが忍術学園にもってきたおみやげだったのだ。

幽霊船のおかげで漁に出られなくなった第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さん。山田（やまだ）先生、土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たちは調査に出かけることになった。ところが、その後を旅姿のお坊さんがつけてきた。

海女（あま）さんたちから磯を奪い、釣を楽しんでいるサザエ城城主サザエ門を退治するため、大魚に変装することになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。ところが、あっさりと捕らえられてしまった。その時、岩山の上に海の主（ぬし）が登場した。

忍術学園に牧之介（まきのすけ）がやって来た。ところが今回は、戸部（とべ）先生との決闘が目的ではないのだ。日夜修行を積み強くなった牧之介は、日本一の剣豪、野牛金鉄（やぎゅうきんてつ）と学園のグラウンドで決闘をするためやって来たのだ。

突然、シイタケ城の使者がやってきた。シイタケ城の城壁に乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱのサイン入りの落書きが・・・。怒ったシイタケ城が忍術学園に総攻撃をしかける準備を始めたらしい。ところが乱太郎たちは、全く身に覚えがなかった。

ぬれぎぬを晴らすため出かけた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、八方斎（はっぽうさい）の隠れ家を見つけた。やはりシイタケ城の落書きは八方斎のしわざだったのだ。ところが盗み聞きがばれ、乱太郎ときり丸は捕らえられてしまった。