食堂のおばちゃんのおつかいで台所の神様にお札を納めに行く事になった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。途中、道に迷い夜になってしまった。偶然見つけたおばあさんの家に泊めてもらうことになったが・・・。

山賊（さんぞく）退治をすることになった乱太郎（らんたろう）たち。山賊が根城にしている廃寺（はいじ）にやって来た。ところが寺の前で会ったおじさんからとんでもない話を聞いた。ここはばけものがでる化け寺で村人は誰も近づこうとはしない・・・というのだ。

廃寺（はいじ）を根城にしていたのは、各座党（かくざとう）の一味だった。乱太郎（らんたろう）たちは、各座党一味を退治しようとがんばったが、反対に追われるはめに・・・。逃げる乱太郎たちがたどり着いた場所は、偶然にも台所の神様の鳥居の前だった。

神経質な斜堂（しゃどう）先生のおかげで授業が進まず、進級できないかもしれない二年ろ組。そこでその性格を直してもらうため、しばらく一年は組を受け持つことに・・・。ところが、は組のあまりのすごさに斜堂先生は気絶してしまった。

戸部（とべ）先生に負けてばかりの自称剣豪の花房牧之介（はなぶさまきのすけ）。一度くらいは勝たせてあげたいと考えたユキ、トモミ、シゲのくノ一三人組は、牧之介を特訓することにした。ところが、あまりの弱さに驚き、あきれてしまった。

七年前に忍術学園を卒業した槍杉多蔵（やりすぎたぞう）先輩。学園で火事を消して以来、火を消すのが生きがいになり、火消しの丈（じょう）と呼ばれている。学園長の思いつきでは組は、火消しの丈の指導のもと防火訓練をすることになった。

小さな火も見逃さない火消しの丈（じょう）。おかげで食堂では火が使えずメニューは冷奴だけになってしまった。家が火事になり、それから怖くて、火を使わずに暮らしてきた火消しの丈。そこで乱太郎（らんたろう）たちが、怖がりを直すことになった。

本当は火が怖い火消しの丈（じょう）。みんなに本当のことが言い出せないまま学園を去ることになった。ところが、学園近くのおばあさんの茶屋が火事になり、助けを求められた。火が怖くて震えが止まらない丈がとんでもないことをいいだした。

石火矢（いしびや）の実習で失敗をしてしまった伊助（いすけ）。忍者にむいてない・・・とすっかり落ち込んでしまった。なぐさめることになった乱太郎たちは、しんべヱの失敗談を話し始めた。ところが今度はしんべヱが元気をなくしてしまった。

出張に行く山本シナ先生の代わりに、くノ一の授業をすることになった大間締堅蔵（おおまじめけんぞう）先生。ところが極度の上がり性で逃げ出してしまった。きり丸から女の子の前で上がらない霊験あらたかなお札をもらい再びくノ一教室へ向かった。