開校記念日の三日間の休みを利用して実家に帰った忍たまたち。土井（どい）先生の家に居候のきり丸。アルバイトをしようと洗濯物を預かった。ところがその中から血のついた小袖と手紙が見つかった。そのとき家の外に怪しいが影が・・・。

山で一夜を明かした乱太郎（らんたろう）ときり丸は、しんべヱの姿をみてびっくり。昨日より太っている。ケガをしたお侍さんに渡すはずの火薬の壺（つぼ）。お腹がすいたしんべヱは中身を食べてしまったのだ。そこへ壺を奪おうとドクタケ忍者がやって来た。

火薬だとばかり思っていた壺（つぼ）の中身は、砂糖だった。マイタケのお侍さんをおそったのがドクタケ忍者でないこともわかった。いったい誰が何のためにこんなことをしたのだろうか？そこへ傷の癒えたお侍さんを連れて、乱太郎（らんたろう）の父ちゃんがやってきた。

おシゲちゃんが本だとおもってしんべヱに貸したのは、トモミちゃんの日記だった。乱太郎（らんたろう）たちに読まれたら大変！そこでくノ一の三人は、日記を取り戻そうと乱太郎たちの部屋に忍び込んだ。ところがそこで見つけたものは・・・。

体重が増えてしまったユキちゃん。苦労せずにダイエットしたいと考え、山本（やまもと）先生に相談することに・・・。裏山のほこらに痩身丹（そうしんたん）という飲むだけでやせられる薬の秘伝書があると教えてもらった。さっそく出かけることに・・・。