第1シリーズ
1話〜10話
- 第1話
- 忍術学園入学の段
- くノ一教室はおそろしいの段
- 第2話
- 変な忍者の段
- 学園長の思いつきの段
- 第3話
- 消えたしんべヱの段
- 謎の分身忍者の段
- 第4話
- 楽しいゴールデンウィークの段
- しんべヱ疑われるの段
- 第5話
- 剣豪・花房牧之介の段
- 一番偉いのは誰の段
- 第6話
- くノ一教室に潜入せよの段
- しんべヱがいないの段
- 第7話
- 忍びの天才の段
- 盗賊退治の段
- 第8話
- 武道大会の段
- 麗しき友情の段
- 第9話
- 密使・新九郎の段
- ナメコ城へ走れの段
- 第10話
- 泳げない海賊の段
- 恋の病の段
初回放送 1993年4月10日(土)〜6月12日(土)
11話〜20話
- 第11話
- 山田先生狙われるの段
- 合同授業の段
- 第12話
- キノコ山縦断訓練の段
- 再び剣豪・花房牧之介の段
- 第13話
- 父の敵の段
- 夏休みがなくなるの段
- 第14話
- 学園長の掛け軸の段
- 神様のお告げの段
- 第15話
- マイタケ城の殿の段
- 食糧を奪え!の段
- 第16話
- 第三協栄丸の船の段
- ひえた八方斎の段
- 第17話
- しんべヱのごめんの段
- いろいろな秋の段
- 第18話
- 悩める人々の段
- 名刀極楽丸の段
- 第19話
- 消えた茶わんの段
- 新出茂橋郎の屋敷の段
- 第20話
- すぐれた弟の段
- 幻のマツタケの段
初回放送 1993年6月19日(土)〜8月21日(土)
21話〜30話
- 第21話
- 夏休みボケの段
- 噂の転校生の段
- 第22話
- 天才丸と秀才丸の段
- 秋風が身にしみるの段
- 第23話
- ジュンコとジュンイチの段
- 風林火山の段
- 第24話
- 宝のツボの段
- ドケチ失敗の段
- 第25話
- 忍たま助太刀の段
- 学園長のお汁粉の段
- 第26話
- 危険な遠足の段
- 山賊兄弟の段
- 第27話
- 内気な忍者の段
- イライラ忍者の段
- 第28話
- ただのドケチじゃないの段
- 学園長のワラ人形の段
- 第29話
- 一年は組を守れ!の段
- 困ったきり丸の段
- 第30話
- 盗まれた表札の段
- 表札の秘密の段
初回放送 1993年8月28日(土)〜10月30日(土)
31話〜40話
- 第31話
- お姫さまは?の段
- 山賊アルバイトの段
- 第32話
- 黒こげパン蔵の段
- たたみの切れはしの段
- 第33話
- 母ちゃん学園に来るの段
- 父ちゃん出世するの段
- 第34話
- 床下の毒薬の段
- きりちゃん失敗の段
- 第35話
- 手裏剣コンクールの段
- 燃えるメニューの段
- 第36話
- ニセ金だ!の段
- 犯人は誰?の段
- 第37話
- きりちゃんアルバイトの段
- きりちゃんドケチの段
- 第38話
- ツヨーイしんべヱの段
- 一番えらいのは?の段
- 落第忍者の段
- 第39話
- 盗まれた鉄砲の段
- 対決!ドクタケ城の段
- 第40話
- 忍たま追試の段
- 金魚やーい!の段
初回放送 1993年11月6日(土)〜1994年1月15日(土)
41話〜47話
- 第41話
- 食堂取られた!の段
- 温泉だあ!の段
- 第42話
- ヘムヘムがいない!の段
- ヘムヘムを返せ!の段
- 第43話
- ソーセージへ!の段
- 二年生に勝つ!の段
- 第44話
- メチャ強い盗賊団の段
- 弱点をさがせ!の段
- 第45話
- おなかがイッパイ!の段
- 心を鬼に!の段
- 第46話
- おばちゃん風邪をひく!の段
- きり丸大モウケの段
- 第47話
- 先生になりたいの段
- 美しい日の出の段
初回放送 1994年1月22日(土)〜3月19日(土)