広大な宇宙で巨大異星人による二大勢力が戦いを繰り広げていた。一方は男だけの勢力ゼントラーディ軍、もう一方は女だけの勢力カメルトランディ軍。
そしてこの戦いは地球をも巻き込んでいった。突然の攻撃に宇宙戦艦マクロスが抗戦したが、突然のトラブルから太陽系外縁に飛び出し地球帰還の術を失ってしまう。マクロス内には都市が形成され、市民は地球への思いをはせ、生きていた。そんな彼らの心をいやすのは歌手リン・ミンメイの歌声だった。思いがけずスターとなったミンメイが唯一の心の支えとしたのは、統合軍バルキリー隊のパイロット一条輝である。輝にとってもミンメイは心休まる存在であった。が一方で輝は上官である早瀬未沙と同じ戦場で生きる中で、愛の芽生えるのを感じはじめていた。
ミンメイと未沙の愛のはざまで、輝の心はゆれうごく。
熾烈をきわめる戦況の中、マクロスは人類の存亡を賭け、ミンメイの歌を唯一の武器に最後の戦いに挑んでいく。