松本零士原作「銀河鉄道999」は、漫画連載の後1978年にTVアニメ化。3年に及び放送され大ヒット。更に2度映画化され、多くの人々に感動と大きな夢を与えてきた。
勇敢な少年・星野鉄郎、鉄郎と一緒に宇宙を旅する謎の美女メーテル、999に乗る心優しい車掌、そして、宇宙海賊キャプテン・ハーロックや女海賊クイーン・エメラルダスなどおなじみのキャラクターが、新たな構想と壮大なスケール描かれた、この「銀河鉄道999〜エターナル・ファンタジー〜」は、1998年に公開された。
この作品は『銀河鉄道999』の17年ぶりの映画化であり、それにあたり松本零士は新たな漫画を「月刊ビッグゴールド」誌上で展開し、スケール感あるストーリーを再構築した。

物語は、あの旅の一年後から始まる。かつての機械帝国は滅び、人間の手で繁栄しているかに見える地球。だが、新たなる支配者が現れ人々はその圧政に苦しんでいた。かつて女王プロメシュームを倒し英雄としてむかえられた鉄郎も、いまや危険分子として支配者のボルカザンダ三世により幽閉、処刑されようとしていた。
その日、そんな鉄郎に懐かしい汽笛の音が聞こえてきた。メーテルを乗せた999が鉄郎を助けに来たのだ。1年ぶりに再会する鉄郎とメーテル。取り上げられていた戦士の銃を再びメーテルから受け取った鉄郎は、再び999に乗り込む。
巨大な謎をはらむ宇宙へと再びくりだした鉄郎とメーテル。そこにはまた様々な運命を背負った人々との出会いと、そして別れが待ち受けていた。そして、鉄郎とメーテルを乗せた999号は終着駅アルティメイト星系エターナルへと向かっていく……